Trận phòng ngư Alytus cũng như các trận đánh phòng ngự của quân đội Liên Xô trên tuyến sông Niemen thất bại nhanh chóng đã đặt tuyến phòng thủ của quân đội Liên Xô ở sâu trong nội địa Byelorussia và Litva vào thế hoàn toàn bị động. Không bị các sư đoàn xe tăng Liên Xô cản bước, Quân đoàn xe tăng 39 (Đức) dễ dành đánh chiếm Vilnius, chia cắt sườn trái của Phương diện quân Tây Bắc với sườn phải của Phương diện quân Tây (Liên Xô). Sau khi chiếm Vinius, Quân đoàn xe tăng 39 (Đức) cùng Quân đoàn bộ binh 8 (có Sư đoàn xe tăng 12 trong đội hình thê đội 1) được tăng cường Sư đoàn xe tăng 19 và các sư đoàn cơ giới 14, 18 kéo từ thê đội 1 lên đã hình thành một mũi tấn công nguy hiểm từ hướng Tây vào Minsk. Phối hợp với mũi tấn công của Tập đoàn quân xe tăng 2 (Đức) từ phía Bắc và phía Nam Brest tấn công lên, hai cánh quân xe tăng này tạo ra nguy cơ bao vây các tập đoàn quân 3, 4 và 10 của quân đội Liên Xô trên một vùng đất kéo dài từ phía Tây Minsk đến phía Đông thượng nguồn sông Niemen.[6]